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違いは下記をご参照ください
「3列独立シート」・・・座席ひとつひとつが独立したシートになります。
　　　　　　　　　　　どの座席も通路を含み、他シートとは隣接いたしません。
　　　　　　　　　　　3列独立シート(横3席)（https://www.kosokubus.com/?dir=sp&page=_3seatonly）
「3列シート」・・・・横並び2席と独立1席。4列シートから1列除いたような構造です。
　　　　　　　　　　　3列シート 横2席×1席（https://www.kosokubus.com/?dir=sp&page=_3seat）